Климат города средиземноморский. Кавказские горы в районе Анапы невелики и представляют собой невысокие, покрытые лесом холмы высотой до 200 метров. Из-за невысокого характера гор, подъёма воздушных масс и конденсации влаги здесь не происходит, что является причиной засушливого и жаркого лета, характерного для средиземноморского климата. Зимой доминируют циклоны с Чёрного моря, Средиземного моря или Атлантического океана, которые вызывают пасмурную погоду, с продолжительными обложными осадками. Иногда вторгаются холодные антициклоны с севера и северо-востока, которые приносят кратковременные морозы. Среднегодовая сумма осадков составляет в Анапе 450 мм.
Очень редко, приблизительно раз в десять лет, в Анапе случаются сильные морозы. Например, 23 января 2006 года в городе температура падала до −23,9 °C[6].
